由于獲得牌照后第三方支付企業的快速發展，銀行和第三方支付企業的合作關系也發生了“微妙”的變化。
　　
　　5月10日，拉卡拉董事長孫陶然在接受媒體采訪時表示：“我們和銀行的合作這一年是越來越密切，越來越緊密，規模越來越大。”
　　
　　不過銀行似乎不這么看。拉卡拉董事長話音未落，5月13日，就有消息稱，拉卡拉或遭工行“封殺”。當日就有客戶陸續反應，在便利店的拉卡拉終端上，工行借記卡跨行信用卡還款操作失敗。除了拉卡拉之外，也有消息稱，從事手機支付的錢袋寶在工行借記卡還款上，也出現了同樣的問題。
　　
　　拉卡拉稱系統升級原因
　　
　　拉卡拉5月14日在其微博上表示：“昨天客服小妹就接到3萬多個電話，今天的電話就更多了。手已嚴重抽筋，全是工行借記卡還款失敗問題。”此后拉卡拉表示，已向銀聯反映這一情況。據悉，在信用卡還款業務轉出卡中，工行占比約30%，由此影響的用戶每天約15萬人次。
　　
　　這是銀行和第三方支付企業出現的公開“裂痕”，并且一直持續到5月18日。對此，當事方除了拉卡拉有回應外，銀聯和工行一直都保持沉默。其他多家銀行和第三方支付企業的人士也諱言此事。
　　
　　5月21日，孫陶然在接受《每日經濟新聞(微博)》記者采訪時表示：“不存在‘封殺’這種說法。跨行還款業務流程復雜，涉及面廣。前幾天由于系統升級原因導致部分工行卡不能正常使用，問題出現后我們多方努力已經解決了問題。”
　　
　　此前有媒體報道稱，此次事件是工行總行鑒于拉卡拉違規而切斷其支付通道。消息稱，信用卡還款，拉卡拉的做法是將合作公司偽裝成一家pos機商戶。客戶還款都是假裝做一筆消費支付，但并沒有獲取任何實體商品。隨后拉卡拉再根據金額，代客戶把錢支付給信用卡發卡行來還款。實際上走的還是銀聯系統，銀行之間資金來往收費該多少還是多少，銀行并沒有收益。
　　
　　對于這種說法，孫陶然予以否認，并反駁道：“這是一個完全不懂金融的人寫出來的，業內人士一看就是不實消息。我們的還款是通過銀行卡轉賬，而不是什么偽裝交易。手續費分成是按照央行規定的7：2：1，發卡行占7，我們占2，銀聯占1。”
　　
　　此外，至于還有人認為，大行的借記卡里的錢歸還了一些小銀行信用卡的錢，會造成大行存款流失加重的問題。一位大行人士表示：“這個倒不存在，還賬單是已經消費掉的錢，不存在存款流失的問題。再說不通過拉卡拉，把現金提出來再去還也是一樣的。”
　　
　　銀行的危機感
　　
　　5月21日，工行的95588客服人員則告訴《每日經濟新聞》記者：“現在能不能用拉卡拉還款了還不清楚，建議到銀行的網點或自助設備上去操作，因為我們和拉卡拉沒有合作協議，什么原因我們也不清楚。”
　　
　　巧合的是，5月18日，工行官方網站公布了新的《中國工商銀行借記卡章程》。這個6月18日起正式施行《章程》比現行的《中國工商銀行牡丹靈通卡章程》多了這樣的話：“持卡人可根據本人交易習慣，申請關閉或開通借記卡在自助設備和特約商戶等渠道的消費、取現或轉賬等交易功能，并可在規定的范圍內設置各渠道的交易限額。”
　　
　　銀行對第三方支付企業的不滿在這之前已經出現。今年兩會期間，某國有大行的政協委員言辭犀利地指出，“第三方支付企業存在管理混亂、違規經營、惡性拼搶市場、沖擊正常支付秩序、風險事件頻發等諸多問題，”因此他建議提高第三方支付企業的準入門檻，加強監管。
　　
　　對于這樣的聲音，孫陶然表示：“這個很正常。每個人對任何一個行業都會有不同的看法，有這種看法的人是否足夠了解情況？是否站的高度足夠？是站在整個行業地角度看，還是站在本公司、本單位地角度看？”。
　　
　　在孫陶然看來，第三方支付公司和銀行之間主要是合作，基本上不會競爭。第三方支付企業做得越好，規模越大，也意味著銀行的收益越來越高，因為用戶用的是某家銀行的卡，一定會增加某家銀行的資金沉淀或流動。
　　
　　不過一位某國有大行的人士表示：“第三方支付快速發展，銀行沒有壓力是假的，就信用卡還款來看，小銀行促銷力度大、發卡多，但是網點少，他們從第三方支付快速發展中得到的收益肯定更好。”